Struktura e MKV-se perbehet nga:
a) Kryetari;
b) N/ kryetari;
c) Sekretariati;
d) Bordi Drejtues eshte nje organ kolegjial vendimmarres qe kryesohet nga Kryetari i cili eshte Ministri i Shendetesise dhe Mbrojtjes Sociale.
Bordi Drejtues ka kete perberje:
STRUKTURA ORGANIZATIVE
- Dy perfaqesues te Ministrise se Shendetesise dhe Mbrojtjes Sociale
- Perfaqesues i Ministrise se Financave dhe Ekonomise;
- Perfaqesues i Ministrise se Arsimit, Sportit dhe Rinise;
- Perfaqesues i Ministrise se Brendshme,
- Perfaqesues i Ministrise se Drejtesise-Drejtoria e Burgjeve.
- Perfaqesues i Komisionerit per Mbrojtjen nga Diskriminimi
- Koordinator i Programit te HIV/AIDS
- Koordinator i Programit te TB
- Perfaqesues i UNFPA (Multilateral Partners).
- Perfaqesues i Delegacionit te Bashkimit Europian ne Shqiperi (Bilateral Partners)
- Nje perfaqesues i Personave qe Jetojne me HIV/AIDS
- Nje perfaqesues i pacienteve dhe ex pacienteve te TB
- Nje përfaqësues i OJQ-se aktive ne fushën e HIV/AIDS ne Shqipëri.
- Nje perfaqesues i Komunitetit Rom
- Shoqate Profesionale e lidhur me HIV
- Shoqate Profesionale e lidhur me TB
- Perfaqesues i Sherbimit te Semundjeve Infektive prane QSUT
- Perfaqesues i Sherbimit te Pneumologjise prane Spitalit Universitar “Shefqet Ndroqi”
Anetare te Perkohshem:
Anetare te Perkohshem me te drejta te plota te caktuar nepermjet zgjedhjeve sipas kritereve te vendosura, jane:
- Nje përfaqësues i OJQ-se aktive ne fushën e HIV/AIDS ne Shqipëri.
- Nje perfaqesues i Komunitetit Rom
- Nje perfaqesues i Personave qe Jetojne me HIV/AIDS
- Nje perfaqesues i pacienteve dhe ex pacienteve te TB
- Shoqate Profesionale e lidhur me HIV
- Shoqate Profesionale e lidhur me TB
Struktura Organizative e MKV perfshin edhe tre Nenkomitete:
1. Komiteti Ekzekutiv me perberje Kryetar dhe N/Kryetar i MKV dhe Kryetar dhe N/Kryetar i Komitetit Mbikqyres.
2. Komiteti Mbikqyres.
3. Komiteti i Zhvillimit te Propozimeve.
2. Komiteti Mbikqyres.
3. Komiteti i Zhvillimit te Propozimeve.